在很久以前,大地有一棵名为世界树的圣树,魔王札特为了得到世界树的力量.而不择手段,当时世界上的人民. 包括战士村的怪物.魔法森林的怪物,弓手村的怪物,以及后来因为战争而成了废弃都市的盗贼村.以及人类村的5条村的 人民奋勇作战,可惜,战斗途中,世界树选择了自毁重生,自毁后,把种子散步在世界各地,因为圣树世界树是这个世界的支柱.所以一旦毁灭掉的话就很麻烦,在战斗中途因为发生了意外,人类村的村民被其他村的村民误解,被排挤.说世界树的自毁是人类造成的,这只是故事的开端。 过了10年后...5条村分别由怪物和人类分开管理,因为种族的分歧,而不断修炼,祈求得到世界树种子的神秘力量统治枫之谷,札特军团死心不惜,也加入抢夺行列,主角阿鲁,是曾经参加保护世界树人类英雄的儿子,也因为他的心,也因为札特军团的各种手段,4条村终于和解了。
白云川市。一个除了学园都市之外，毫无特色的城镇。人们努力振兴城镇，吸引游客，但一切努力都失败了。然而，他们最终却以意想不到的方式吸引了公众的注意。一个行事粗鲁却又责任心强、干劲十足的可靠青年。新海翔。他原本过着普通学生的平静生活，但当白蛇津云神社的神器遭到破坏时，翔的日常生活发生了改变。在阴影中，存在着觉醒了超能力的少年少女。他本应只是生活在毫无特色的城镇里的另一个普通学生。他卷入了由拥有超能力的人展开的奇异命运……
上一场激烈的战斗已经结束了数千年，邪恶的金翅雕被封印在高塔之内永世不得翻身，为了重新获得自由，它复活了自己的爪牙蛇妖和蝎妖，又将葫芦山炸成七块，令葫芦兄弟们四散各地不能团聚。之后，蛇妖和蝎妖奉金翅雕之命找到落单的葫芦兄弟们，决心将他们逐一消灭，以实现金翅雕统治世界的野心，葫芦山神得知了这一可怕的阴谋，复活了爷爷。就这样，爷爷踏上了寻找葫芦兄弟的旅途，而失散的葫芦兄弟们则失去了记忆。爷爷必须快马加鞭，和时间赛跑，赶在妖怪们之前找到葫芦兄弟，与此同时，已经忘记一切的葫芦兄弟是否会想起从前，担负起拯救苍生的伟大重任呢？
斯派罗试图证明自己像其他 Skylanders 一样拥有超能力，但当他们陷入危险境地时才意识到自己的力量。
