《妈祖》是一部反映妈祖生平事迹的神话励志剧，以广泛流传的３０多个妈祖民间传说为素材，力求还原一个可敬、可亲、可爱的圣贤妈祖形象，展示博大精深的妈祖文化，传扬以妈祖文化为代表的东方海洋文化。与以往一些神话剧娱乐大于社会教育不同，《妈祖》将从生动曲折的妈祖生平事迹中，反映妈祖文化的悠久历史和立德、行善、大爱的丰富内涵。另外，与以往神话剧“天生法力”不同，《妈祖》中的林默是肉体凡胎，其成仙历程是由下而上的奋斗路。观音送子、怀胎年余、观井得符等３０多个民间传说将穿插剧中，见证妈祖感动上苍、得道成仙的历程。
翰旻（阮柏皓 飾）為了交到朋友而隱瞞自己有通靈眼，卻遇上校長（于子育 飾）意外落水的兒子－允賢（張城熙 飾）的鬼魂前來求助，而在實習土地公范麗絲（林奕嵐 飾）的追捕下，允賢的時間所剩無幾。為了幫允賢實現心願，翰旻決定與同學組成隊伍參加料理大賽，究竟午餐爭霸賽獎落誰家呢
游德是泳队的创办人，早年与妻子离婚（邓萃雯 饰）。大女儿游娴（陈文媛 饰）留在父亲身边，次女游颖（唐宁 饰）则跟着母亲生活。颖一直不喜欢自己的父亲与姐姐，更常常与他斗气，意想不到的是两姐妹同时爱上了队友Edwin（萧正楠 饰）。一向迁就妹妹的娴因此与Edwin保持了一段距离。颖是游泳健将，但颖一直不相信父亲不修边幅的样子就是当年的飞鱼王子，于是她加入了与父亲对立的泳队。两个泳队都为了最终的游泳大奖赛努力，这时游德队里不够人参加比赛，娴虽然对游泳颇有研究，可是长短脚的她极少游泳。这时她希望妹妹能够回到自己的队里帮父亲胜出比赛。在姐姐的努力劝说下，颖才放弃了原来的队，加入到父亲的队里。可是这时发现，颖的神经系统受药物所损，而药物正是原来泳队坚持服用的，但比赛迫在眉睫了……
校园课外活动在合唱团小伙伴的努力下终于恢复，校董植念却又有了新的计谋，她一手促成了诸多社团为刷票陷入混战的局面。为了统一管理学生，她还发明了“智能手环”企图控制学生校园生活的方方面面…… 孩子们成长的烦恼也慢慢显现：周沫因自己女孩子般的嗓音和胖胖体型而自卑；高诗远无法定义自己对孙天圣莫名的情愫；格桑急需大笔奖学金，无奈转学光明中学；艾晓欣和三个不知名女子混迹在一起不愿意被其他小伙伴知道；一张没有名字的癌症化验单让大家感受到死亡的概念并且陷入恐惧……
1937年，野心勃勃的日本帝国主义蠢蠢欲动，蓄谋发动侵华战争。为了确保侵略行径顺利进行，日方通过秘密设立的特务机构从事各种情报搜集和破坏活动。在此过程中，蓝衣社也中了日方的诡计，情报站遭到炸弹袭击。担任情报站顾问的农初民（刘交心 饰）找到文武双全却挥金如土、醉生梦死的公子哥傅约翰（陈冠霖 饰），说服他参加盗取日本特务机关密钥的九耳犬计划。以此为契机，一心享受人生的约翰和共产党建立了联系，而这个风流倜傥、玩世不恭的公子哥将在连番钩心斗角、枪林弹雨的凶险斗争中，成长为一名足以担当起家国重任的义勇男儿…
