在英国某个村庄，吸血鬼和食尸鬼横行霸道，祸害人间。旨在消灭反基督怪物的皇家国教骑士团（Hellsing）派出强大、恐怖的吸血鬼杀手阿尔卡特，阿尔卡特打败邪物，也间接将倒霉的女警察西洛斯·维多利亚变成吸血鬼，进而成为Hellsing的一员。此后不久，Hellsing总部遭到近乎毁灭性的入侵，随着各种离奇事件层出不穷，一个名为“千禧年”的邪恶组织慢慢浮出水面。他们全由纳粹战败军官组成，为了一雪二战之耻，这群战争狂人不惜制造一支吸血鬼军团。搅合了多方势力的正邪大战就此拉开序幕……
三年前，勇者西昂·布雷德利用圣剑之力将地狱之门封印，人与恶魔的战斗得以结束。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
有马一花（小坂井祐莉绘 配音）是一名平凡的女子高中生，一天，在地铁站里，她遇见了因为低血糖而差点摔下楼梯的上班族天草亮（丰永利行 配音），善良的一花将自己的便当送给了亮，被一花这一举动深深的感动的里亮瞬间坠入了爱河之中，并且在隔天就对一花展开了热烈的攻势。天草理绪（长谷川玲奈 配音）是一花的同学兼好友，巧合的是，亮竟然就是她的哥哥。从理绪那里，一花得知亮是一个非常轻浮的男人，这无形之中给亮追求一花增加了难度。多丸快（榎木淳弥 配音）一直默默爱慕着一花，在亮这样一个成熟又强大的竞争对手面前，多丸会做出怎样的回击呢？
