199X年，世界被核火吞噬！然而，人类依然设法存活了下来！出现了一名胸前刻有七道伤痕的独行男人，他的名字是健次郎，北斗神拳的继承者。在这个弱肉强食的世界里，健次郎用他的铁拳开拓出一条道路！
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
身为人类的海昕和夏凡，因为一次偶然的机会，得到了梦寐以求的魔法能量。并在魔仙希雅的同意下，成为了小魔仙，和希雅一起守护人类世界和魔法海洋。她们在帮助希雅调查污染魔法海洋的海兽时，结识了海萤堡的海达王子及其他一众魔仙。众人在寻求真相的路上遇到了很多困难，但大家团结一致，共同努力，一起渡过了重重难关。
