故事发生在一座位于孤岛之上的学校里，在这里学习的，都是身怀绝技的超能力者。这些孩子们被告知，在不久后的将来，即将发生灾厄，为了能够应对来袭的“人类之敌”，他们必须在这与世隔绝的孤岛上接受生存训练。
《铠甲勇士酷垒积木大作战》讲述的是智勇双全的铠甲勇士捕将与来自外太空的僵魁大军斗智斗勇的故事。当筱筱有难时，卡魄与帝狮将齐心协力英雄救美，黄蜂将与王鲨将联手上演了一场险象环生的争夺能量石之战！天蝠驹空中解救人质大快人心，在最终的火山大决战中，作恶多端的僵傀大军，发动了地面与空中的火力，铠甲勇士们将使出什么绝招来迎战呢，让我们拭目以待。
前辈武田晴海个性粗犷，但很擅长照顾别人。在后辈五十岚双叶上班的第一天，武田误以为身材矮小的她是中学生，使得五十岚对于武田的第一印象相当差，偏偏上司又指派武田指导五十岚。本作讲述在这之后武田和五十岚之间发生的各种恋爱喜剧。
