第二卷 神灵 发生在平息了共和城平隐会的暴乱后6个月，本季科拉将离开共和城，前往北极水族和南汽和寺，探索灵界，解决神灵与人类之间的冲突。新登场的人物除了科拉的父亲外，还有叔父unalaq以及他的双胞胎儿女，商人varric，以及初代神通wan。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
