灭世洪水降临,90%的陆地被淹没在波涛之下,幸存者在孤岛上苟延残喘,浪潮汹涌,海兽肆虐。林歌在一块漂浮于茫茫海面的破木板上醒来,依靠大航海旅游系统将破木板一步步扩建,打造成移动的海上之城,并收服一众追随者,向着传说中的极北冰原进发,寻找灭世洪水的真相。
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始,到原作的最后与孟德萨拉之战中,矢吹丈“化为白色的灰烬”结束