故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
伊里达游太（井上麻里奈 配音）只是一个平凡的高中男生，沉默寡言而又不露声色。一场意外之中他竟然灵魂出窍，就此来到了名为古来馆的公寓之中。为了找回肉身，游太必须找到隐藏在公馆之中的圣典，就这样，小小的一幢公寓成为了游太的整个世界。
