ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
主角云舒在一个绵延了十年的大梦中捡到一个残破的世界，从而开始了他震惊世人的崛起之路。云舒本身天赋异禀，却因为怪病十年不入修行门槛，受尽欺辱。在这个残破的世界中，他获得了取之不尽的灵草、用之不竭的精矿，以及一具和他一模一样的身体，身上还携带着重宝。凭借这些无尽的机缘，云舒走上了逆天地、定轮回、再造乾坤的道路。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
