新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
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在蓝星之外，平行世界尽头的深渊中，封印着一众自远古时期遗留的可怕存在。这道深渊的封印由各族精灵仙子轮流看守，每百年轮换一次。直到有一天，精灵女王意外受到重创，长眠不醒，没有了女王镇压，藩王作乱，欲与异族联手抵达蓝星，攻占人类世界……
果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
