2070年，东京上空突然出现了貌似侵略兵器的巨大物体，一时间，日本突然停电，闹得鸡飞狗跳。正当人类陷入困境的时候，不知从哪里又冒出一个与“侵略兵器”大小相仿的大家伙，一番对打之后，危机竟化解于无形。次日，面对新闻界的质疑，日本政府慢条斯理的回答：“啊，那个外星人啊，有的啊。”于是全日本顿时炸了锅，神奈川县天网市的御统中学也未能免了俗，就在大家兴奋不已的这一天，转来了一位名叫“统原无量”的转校生。关于天网市，不，关于地球乃至宇宙的一切秘密就从这一天开始……
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！《机动战士高达00》系列动画片第2季。
