架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
日本各地出现了异空间「魔都」──由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，因此便由女兵组成了「魔防队」。某一天，过着抑郁生活的男高中生──和仓优希不小心闯进了突发性产生的魔都入口，在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
