寿宴过后，李饼接受了女皇安排的秘密任务，藏身胡肆，随后带着陈拾暗中查探丘神纪曾经在博州所作所为，主仆二人踏上了前往博州的征途。曾经的挚友为何会变成这样，是李饼一直想要解开的迷。李饼将博州的惨状上报女皇，本以为真相大白不料峰回路转，李饼该何去何从？
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
