第三季将重点描述主人公与美国政府周旋的故事——面对政府的调查和围追堵截，暗网原型ArakNet的创造者要作何选择？Mira Sorvino本季扮演美国国家安全局特工Rebecca Stroud，负责调查并最终关闭ArakNet。Zachary Knighton、Tyler Labine、Jason Kravits亦将演出。
故事发生在20世纪30年代的川藏一带，中甸地区的草原上，彪勇孔武的青年扎西平措（胡歌 饰）纵马奔驰。童年时发生在母亲身上的悲惨一幕，让怀着报仇念头的他跟随虫草老爹进入九龙湾当了马贼。成年后，为了救回被人抓走的虫草老爹，扎西劫走了土司多吉（巍子 饰）及其女儿勒仓卓玛（王力可 饰）。这是一场由阴谋导致的误会，却让青年和美丽的卓玛结下不解之缘。大时代背景下，川藏自然无法偏安一隅。中甸国民政府县长王大隆妖魔化共产党，策动多吉的弟弟桑吉（多布杰 饰）篡夺土司位置，阻止红军进藏。
新中国建立之初，大难初定，百废待兴。然而国际局势分外险恶，中华人民共和国仍处在风雨飘摇的关键时刻。近有盘踞台湾的国民党政权蠢蠢欲动，时刻准备反攻大陆；外有美国为首的帝国主义伺机推翻新中国，从中渔利。为了与对手和列强抗衡，中共审时度势，敞开胸怀招揽海外的华人科学家归国，共同发展国防事业。感受到了祖国的召唤，钱学森（陈建斌 饰）、邓稼先（郑国霖 饰）、钱三强（杨洪武 饰）等科学家怀着一颗赤子之心，突破重重阻力投向祖国的怀抱。与此同时，国际上风云变幻，中苏关系交恶，抗美援朝战争也令原子弹的阴影进一步威胁中国的安全。科学家们与祖国人民团结一心，为打造属于自己的“两弹一星”付出了无尽的努力……
故事发生在明朝末年，胡、苗、范、田四家人本是至交，却因为一场误会而结下了血海深仇，其后人们更是为了争夺明室遗留下来的宝藏而大打出手死伤无数。胡一刀（吕良伟 饰）侠肝义胆想要使沉冤得雪消除误会，却遭到了田归农（曾江 饰）的陷害最终命丧苗人凤（谢贤 饰）手下。
