《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
同盟大军攻入神域结晶山，直面苏醒的神族之主“天”，各族善战的勇士轮番与天交手。在“天”强大的压迫感下，逆天而行回忆起先辈无数次失败的反抗战争，以及永恒之夜曾预言，他这次与神族交战的结果不再是必败，而是难料，因为这一次，同盟军中有一位特别的“命运之子”，他就是武庚。
身为地球青年的洛云霄，一朝穿越，来到了充满玄幻气息的玄黄大世界。在这里，他被正道派遣卧底万魔宗十年，可谁知到最后，他却被万魔宗高层推上了宗主之位。从此，他开始了专属于他的辉煌时代！
凯·渚，一个普通的高中女生，梦想着有一天成为职业摔跤手。突然，一个名叫伊克塞尔的机器人找到了她。伊克塞尔催促她帮助拯救地球，抵御被称为“盖亚斯”（Geas）的外星人入侵。以卡奥斯（Chaos）和克罗斯（Cross）为首的“盖亚斯”一心想掠夺地球的资源，最终将其摧毁。为了对抗入侵者，渚必须与伊克塞尔合体，成为一名身着战斗服的战士，名为“伊克塞尔狮”（Iczelion）。她不愿接受这项突如其来的不可思议的任务，不愿与其他地球上的伊克塞尔狮一起战斗，因为渚只想过着普通的生活，不想承担如此重大的责任。渚必须克服恐惧，与其他伊克塞尔狮并肩作战，阻止外星入侵势力摧毁他们的家园地球。
龙墟界域，广袤无垠，宗门林立。羽神宗独占东方一隅，传承了无尽岁月，强者无数，难以撼动。门中设有天灵院，搜罗各处的天才少年加以培养，为宗门不断输送掌握妖兽力量的妖灵师。少年聂离，由羽神宗外门执事引荐，前往天灵院修行。在天灵院，聂离与神秘少女应月茹相遇。少女掌握了能够演算天机的天衍禁术，预感到羽神宗将会在各大家族的争权之中走向分崩离析的结局，而怀有赤子之心的聂离就是唯一能阻止这一切的天选之人。两人因此成为师徒，聂离必须在应月茹的指点下一步步登上羽神宗宗主之位。
