住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
天才高科技少年侦探狗十一，意外遇上拥有百变能力的系统魔方小白。二人肩负使命，踏上穿越时空之旅，只为修复错乱的地球时间线，解开世间各类未解之谜。他们穿梭古今、跨越地域，开启一场场惊险又趣味满满的科学冒险：奔赴巴黎夜幕，与传奇侦探福尔摩斯联手追捕神秘的开膛手杰克；探秘尼斯湖深处，追寻水怪的踪迹；穿越远古三星堆，破译古蜀文明隐藏的千古秘密；驾驶直升机勇闯百慕大三角，倾力寻找失踪亲人的下落。狗十一与小白深陷一桩桩趣味科学谜案，在时空现场并肩作战、守护城市安宁，一路破解谜题、化解危机，最终迎来与宿敌开膛手杰克的终极巅峰对决！
