作为故事主人公的女孩（中原麻衣 配音），其担任调停官的重要工作之一就是负责回收妖精们的道具。虽然这些道具没有什么坏处，可是利用不当的话也会造成不小的麻烦。比如说那个粉红色的小勺，女孩无意中发现勺子能够从脑袋里舀出面粉。她分外高兴，一勺勺舀了好多，然而很快便发现自己变成了拇指般大小。爷爷无法听懂她的话，还当她是小妖精。万般无奈之下，女孩只能背起走出家门，去寻找小妖精帮她恢复原状。前方是漫长而凶险的旅途，奇妙精彩的冒险由此展开……
上乃木遥（工藤晴香 配音）是一个普通的少女，从小她就拥有能看到幽灵的特殊体质。一日，一个名叫鸦（中井和哉 配音）的男子突然出现在了她的眼前，鸦告诉遥自己来自于15年后的世界，在那个时代中，世界被分割成许多的时空界，其中，最邪恶的香格里拉时空界一直妄图毁灭其他的时空界，而自己就是一直与之战斗的龙骑兵。他此次前来的目的是为了捕获可以确定未来的龙之转矩，而在现在，龙之转矩的所有者就是遥本人。
松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
