藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
劳尔（河本启佑 配音）自小就立志成为一名勇者，并且为了实现理想而付出了大量的努力和汗水，尽管周围的人都将劳尔看作是胡言乱语的怪人，但这并没有阻止劳尔追逐梦想的脚步。然而，就在他即将取得勇者测验合格证的前夕，竟然出来了魔王被打倒的消息，勇者制度亦因此被废除，这也就意味着，勇者劳尔，失业了。身心都遭受了巨大打击的劳尔变成了家里蹲，并在汹涌而来的就业潮中好不容易得到了在魔术店莱昂王都店打工的职位。让劳尔没有想到的是，一位名为菲诺（田所梓 配音）的女孩成为了她的同事，而菲诺的正是身份，竟然是魔王的女儿。
现代少年莫梵，在一次偶然事故后，变成天赋灵纹被夺的莫家嫡系少爷莫梵。在”金手指消息早知道“（早大人）的帮助下，莫梵恢复了天赋，并从早大人提供的信息中，得知青玄王宝藏的消息，同时也提前预知了爷爷数日后就会走火入魔的消息。为得到青玄王留下的传承来救爷爷...
