故事发生在樱丘高中，围绕着由五个成员组成的轻音部展开。这支名为“放学后茶会”的乐队中，担任吉他和主唱的是天然呆少女平沢唯（丰崎爱生 配音），担任贝斯手的是稳重但容易害羞的秋山澪（日笠阳子 配音），担任鼓手的部长，是非常有活力的田井中律（佐藤聪美 配音），温柔热情的键盘手是琴吹紬（寿美菜子 配音），吉他手是学妹中野梓（竹达彩奈 配音）。新学年开始，除了小梓，大家都升上三年级，还被分到了同一个班级。然而要是再不招揽新成员入部，来年四名成员毕业离校，轻音部就要面临废部的命运了。
迷你特工队的战士福乐失忆后来到了名为丛林岛的地方。在这里，他和超威战队的伙伴们并肩作战，对抗利用黑暗能量精灵占领丛林岛的火花军团坏蛋们，开启了守护正义的新征程！在丛林岛生活的超威战士们面对火花军团的侵占，敢于团结反抗邪恶的无畏行为，真切地传达着善良正直的力量。同时，福乐与新朋友一起进步成长为优秀的战士，也在教导小朋友们要真诚友善地与人 相处，用积极向上的态度面对新环境、新挑战......不仅如此，《迷你特工队超威能量》通过动画中绿色能量和城市环境的好坏紧密相连的设定，向小朋友们生动地阐述了保护生态环境是 与个人息息相关，要树立正确的环保意识，为大自然贡献属于自己的绿色能量。
