本剧讲述了红衣神偷温瞳和六扇门统领顾靳澂，在联手追查“美人榜”悬案“白梨失踪”案时，根据线索一路揭开铸造世家方家的“红颜枯骨”案和蜀中唐门的“鬼粟花蛊”案等诡案，在波谲云诡的江湖势力中坚持寻找案件真相。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
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湘西农家子弟狄云，自幼随师父铁锁横江戚长发和师妹戚芳习武务农。一天戚长发多年未见的师兄万震山派弟子来请戚长发去作客。三人到了万家。先是逢大盗吕通前来寻仇，狄云拼着受伤打退了吕通，却反而见疑于万家。先是万震山的八个弟子深夜寻衅，打了他一通。第二天他气不过他们的奚落嘲笑，用从一个老乞丐处学来的几招剑法回敬了其中几人。万震山疑心戚长发已学得师门不传之秘连城剑法又教给狄云，遂将戚长发诱入房中击杀，却又伪造现场反诬戚长发击伤了他而逃走，而已意犹未尽，复又设下圈套将见义勇为前往捉贼的狄云裁赃诬为强奸偷盗犯，打入死牢。万震山的儿子万圭假作好人，让戚芳以为他出钱出力想让狄云尽早出狱，其实却是买通官府将狄云轻罪重办。戚芳信以为真，又认定狄云确有其罪，虽然感情仍在，但对狄云也感到伤心和失望，终于嫁给了万圭。
