由于违反了宿舍规定而被逐出住所的神田空太（松冈祯丞 配音）带着自己的爱猫流落在街头，不得已，他只能够住进了人称“问题学生集中营”的老旧宿舍——樱花庄。果然，接二连三出现的怪人让空太更加确信了流言的可信度，但在相处的同时，空太也发现，虽然身为问题学生，但樱花庄稀奇古怪的住 客们其实都有着天真和善良的心地。
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
夕丛雾香（桑岛法子 配音）是一名失去了记忆的少女，她的所有家当除了手枪和怀表，就是那仿佛是天生一般的杀手的敏锐和直觉。在一次行动中，雾香成为了杀手米蕾尤（三石琴乃 配音）的目标，但米蕾尤并没有下手，正相反，她们两人组成了杀手组合“NOIR”，与邪恶又强大的科西嘉岛黑手党展开了斗争。为了找回遗失的记忆，雾香和米蕾尤开始了她们的行动，随着调查的深入，一个名叫“索尔达”的神秘组织浮出了水面。而当雾香的记忆逐渐恢复的同时，她发现，她和米蕾尤的关系并非表面上所看到的那么简单，两人之间有了越来越深的隔阂。与此同时，早已被定性为“叛徒”的两人，也遭到了索尔达高层派出的“骑士”的攻击。
