全集主角是一位憧憬山吹高中美术科，并以优异的成绩入学的少女由乃。因为家中离学校很远，而住在学校校门前的公寓“向阳庄”。住在隔壁的是同学年的同学宫子而在各自房间正下方的是学姐寻和沙英。因为同住在向阳庄而变得熟悉的不同性格的四人，每天都有着既奇怪又有趣的事情发生。
为了迎接未知的挑战，闪电机甲全新升级加入作战，他们的机车可以变形为机甲状态，动物们可以通过跟小雨点结合进而召唤出带有动物特点的武器，对抗以霹雳为首的恐龙队。护卫队成员们在任务中相互协作，发挥各自特长，不仅帮动物们解决问题，还向动物们学习本领，一起成长！
未来世界，人类开始向宇宙移民，建造了名为”ネクスト”的殖民卫星，但不久地球和殖民地间的矛盾激化，人类分成ネクスト同盟军、地球政府军和地球革命组织三大阵营相互杀伐，而战争中的主导兵器则是名为”MV（Metal Vehicle）”的人型机动兵器。主人公ジェイストライカー原本是ネクスト同盟军的MV驾驶员，由于厌倦了战争而和其他同样厌倦战争的人一起在殖民卫星ネクスト7落草为寇，专做打家劫道的营生，有一天却卷入了神秘超兵器”S.A.C”的争夺战中。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
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