故事地点设立在平行宇宙的现代社会。在这个大环境背景下，所有人的手机上突然出现了一款末日游戏，而在末日游戏出现的十分钟后，游戏入侵现实，末日降临。 《末日游戏》是一款极度氪金的游戏，只要氪金，就能从各方面提升游戏中的角色数值。 一开始，并没有人把这款游戏放在心上，所有人都只来得及创建角色，但只有身为重生者的主角赵铭知道，这款游戏将会在一段时间后入侵现实——也即是游戏中的一切都会逐渐映照在现实中，包括玩家创建游戏角色的各项数值！ 换而言之，只要在游戏入侵现实之前将钱充进游戏，那么在游戏入侵之后，这些钱就会成为赵鸣最大的依仗！ 因此，赵铭开始大氪特氪，最终在游戏入侵现实之前将自己整整一个亿的现金氪进游戏中，并且获得氪金奖励，获得唯一一次职业【炼金术师】。 依靠炼金术师的能力和游戏开始前氪的一个亿，赵铭在这个危险的末日之中直接无敌，最终弥补了前世的遗憾，并且终结了末日。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
带着容易引起灾难的危险秘宝“魔剑目录”，居无定所的流浪剑士，殇不患。从祖国西幽离开辗转来到了东离之地后，好不容易获得了一时安宁的他，不料被仇敌“祸世螟蝗”得知这个消息，再次陷入危机之中。从遥远的西幽不断接揰而来的异能、异形的刺客们。就在殇不患面对这样的困境之中，身穿红莲之衣谜一般的吟游诗人就此现身。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
