新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
那天，隶属于历战冒险者派对的尼克，被像父亲一样仰慕的队长宣告流放。为了那些散漫的伙伴们，尽管他们在账目和知识等方面支持着他们，但还是被冤枉为贪污。
