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某个黄昏时分，我遇见了专门恐吓人类的幽灵妖怪集团“怪奇组”的组长メチャ子。明明我比普通人还要怕鬼六倍，却莫名其妙地卷入了帮怪奇组东山再起的麻烦事里……在我身边，接连不断地发生着似可怕又不可怕的怪奇事件！搞笑恐怖，搞笑恐怖。前所未见的怪诞搞笑剧，此刻开演！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
主角就读于私立学校“私立天堂学院”。蓝天日み和星川み月。Himari 的梦想是成为 Aipri......结交 10,000 个朋友！但在陌生人面前害羞又紧张的 Himari，可能有点困难...现在 Himari 竟然和 AiPriii 一起首次亮相！？我甚至不能告诉我最好的朋友Mitsuki“秘密”已经揭晓！不过，Mitsuki 也有一些似乎有一个“秘密”……怀揣着秘密的Himari和Mitsuki开始了他们的AiPri关系！！
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
