薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
日本各地出现了异空间「魔都」──由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，因此便由女兵组成了「魔防队」。某一天，过着抑郁生活的男高中生──和仓优希不小心闯进了突发性产生的魔都入口，在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
