第3季故事将讲述在神殿担任见习青衣巫女的梅茵和她的朋友路兹、姊姊多莉与孤儿院的孩子们一同制作了儿童版圣典绘本，对于书籍热情越来越高的梅茵，决定挑战下一个目标「活版印刷」。
云霄兵败黄河阵，亲人亡故、自身被囚麒麟崖，截教死伤惨重。濒死时绑定沐辰系统，得丹药重生，立誓复仇元始。她营救闻仲、斩杀云中子，依托商朝气运蛰伏，西岐一战诛杀龙吉，接连重创玉虚金仙，奇袭昆仑焚毁玉虚宫。界牌关通天摆诛仙阵力敌四圣，云霄汜水关证道圣人。通天遭玉帝暗算离世，云霄融合两大绝阵，斩杀二圣、废除封神榜，执掌截教复活同门，扭转封神劫数。
故事将衔接TV版第三季结局紫悦进化为天角兽加冕成新公主之后的生活。紫悦公主加冕后不久，水晶帝国的珍贵王冠被盗。为了找回王冠，她独自前往一个平行世界。
