「我还是第一次看到，有人能将浮游魔法使得如此收放自如。」「这一点也不难，只是大家都没尝试过罢了。」拥有当代社会无法衡量的超规格魔法技术，却保持谦虚态度生活的青年‧亚连，在恩师的委托下，以家庭教师的身分前去指导『用不了魔法』的公爵千金‧蒂娜。面对这名已被无数人放弃的少女，不打算死心的亚连所传授的课程是──「就我个人认为，魔法并不是人类以操控魔力的方式施放，而是向精灵借用力量罢了。」亚连的魔法课程内容颠覆了常识。在谆谆善诱后，亚连解开了封印在蒂娜身上的谜团，而这也是向世界掀起革命的师徒传说开端！
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
