在浩瀚的宇宙中，经过长期岁月辗转，被秘密选召出的四个小动物，作为“迷你特工队”保护地球的和平，他们是最强战士：弗特、赛米、露西、麦克斯！数百年后宇宙海盗丹丹团三人组——卡拉、丹特、丹乔，在某个小行星发现了被封印的外星人杰苏，并解开封印让其重见天日。杰苏的力量源于生命体所散发出的负面情感（恐惧、伤心），被称作不幸能量。这伙邪恶势力筹划在地球不断制造危机，并从地球上的生命体获得不幸能量。 迷你特工队为保护地球，与邪恶势力展开了激烈的战斗！
在进行机甲武斗大会的冠军战时，布莱札德突然来袭，十年前他们也曾侵袭而来，但不知为何他们这次就很干脆地撤退了。然后这样过了好几个月的某日，在创世纪特区的里昂一行人正要接受训练时，天空突然出现异常现象，竟然出现了镜像世界的里昂他们，这到底是怎么一回事呢？
超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
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