西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……

年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。 

宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。
　　

表面上看来，真宫樱（井上麻里奈 配音）只是一介平平无奇的女高中生，然而，童年时代的特殊遭遇让她拥有了能够看见幽灵的特异功能，亦改变了她原本风平浪静的生活。一次偶然中，真宫樱遇见了名为六道轮回（石川界人 配音）的少年，敏感的樱很快就发现了少年的半人半神的真实身份。原来， 六道轮回拥有着一半的死神血统，因此而肩负着超度亡灵的重任，他的正直和善良吸引了樱的注意，两人联手，将一个又一个无法安息的亡魂送入了轮回之轮。随着时间的推移，樱渐渐发现，原来六道轮回的奶奶魂子（雪野五月 配音）正是曾经救过自己性命的死神，而她特殊的命运早在那一刻就已经决定。 

主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。

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