风平浪静的一天，日本海上自卫队的舰队照例举行联合演习，谁知装备了最新防御系统矶风号出现异常。先是普通舰员和舰长遇害，继而得知某国的队日特工教官龙华，携带威力强大的炸弹GUSOH秘密登舰，追被劫持矶风号袭击东京。在副舰长宫津弘隆二（寺尾聪 饰）和沟口（中井贵一 饰）等人的命令下，船员们纷纷乘救生艇逃生，殊不知沟口的真正身份正是龙华，宫津则是他的亲密战友。他们全速向首都圈前进，并向日本政府提出了3点要求。与此同时，服役于矶风号的前伍长仙石恒史（真田广之 饰）偷偷潜回本舰，以一己之力和这群恐怖分子展开周旋……
《奈克瑟斯奥特曼EX：诗织 - 失落的记忆 -》是《奈克瑟斯奥特曼》特别篇，由北浦嗣巳导演、赤星政尚编剧。另外，本集未曾在电视插放，只在DVD版发行。
日本战国时代末期，各路诸侯连年征伐，战火不断，致令饿殍遍野，生灵涂炭。一代霸主丰臣秀吉死后，旧有的丰臣家族和德川家康发动了夺取天下的战争。为了有效摧毁对手，德川下令组建了武功高桥的杀手集团，在这些人中间，唯一的少女阿墨（上户彩 饰）正是其中的佼佼者。继加藤正清、浅野长政之后，真田昌幸（平干二朗 饰）便是德川家族天下制霸的最后阻碍，而此番阿墨也将其作为最后的刺杀目标。无休止的杀戮，让这个没有笑容的少女早已厌倦，当在一次的争斗开始时，她却邂逅了那个与死去恋人长得一模一样的敌军武士银角（小栗旬 饰）。
阿墨的命运由此变得扑朔迷离…
本片改编自日本作家山田风太郎的同名巨著《甲贺忍法帖》。于2005年9月在日本上映，总投资达15亿日元。1614年德川家康主宰天下期间，两个长久以来处于敌对的忍者村落——伊贺与甲贺，为了维护和平，二方祖先便订立了约定，互不往来但定期比武决胜负。两个忍者村落的个别继承人胧（仲间由纪惠 饰）与弦之介（小田切让 饰）在偶然不知彼此身分之下相遇认识，进而坠入情网，但悲惨的宿命却正等候着他们两人。德川为了确实掌握政权，于是展开政治密谋，挑起两边村落间的冲突与对立，进而消灭对方的种族。此时胧与弦之介将被迫成为敌人，两人必须背负起家族使命展开决斗…
