SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。

机械化帝国是一个不重视生命的机械帝国，首领是机械神，以攻占星球并把其机械化为已任。而除了地球，包括月球在内，整个太阳系已被机械化了。峰崎拳一，立花浩美和朝冈忍子春风校园六年级生。就在他们回校参加开业礼时，机械化帝国的第一机械王齿车王开始攻击地球。就在峰崎拳一等人快要受袭，守卫地球的艾度兰打开一个时空裂缝，三人回到六千四百万年前的世界。这时光之人艾度兰已经差不多耗尽所有能量，于是他把三只恐龙型机械交给他们。这次保护地球对抗机械化帝国的重任，就落在春风校园六年二组身上了。由于齿车王多次失败，失去机械神的信任，最后一战更被新机械王电气王所杀。电气王乘坐机械神所给予的黑色战神对抗哥修罗，强调力量的他，经常利用军事武器变成机械兽，在某次战役受重伤，与黑色战神同化，但最后也战死。

魔王帝国从沉睡中苏醒，并开始征服地球，继承了古代穆帝国血脉的响尾神明与穆的守护神雷丁合二为一，共同对抗化石兽。

在幾百萬年前，地球原本是外星人的故鄉，人類殘暴的祖先在地球進行殺戳把這地方鵲巢鳩佔。而世代以來，所有統治者還一直把紀錄了這個秘密的「亞米加檔案」禁敝起來，不肯承認過錯。事實上，外星人直對地球虎視眈眈，並非因為要侵略，而是想討回公道。這次，外星人決定實行最大的報復行動。即使地球高層最終決定向宇宙公開承認「亞米加檔案」的內容，但是也按制不住外星人為國復仇的決心。作為地球的好朋友，七星俠不忍袖手旁觀，但是從宇宙公義的角度看，他理應主持公道……七星俠將會如何抉擇？

2022年，举办第17届Cyber Formula GPX。 “阿尔扎多事件”的暂停已经解除，加贺和他的工作人员也回来了，但董事会仍然担心比赛的参与，决定大幅削减预算。他被迫驾驶前年的赛车参加比赛。然而，在第一场比赛中，加贺就敏锐地意识到了自己的实力不足，经过良久的思考，他接受了突然联系上的南云的邀请，并接受了阿尔扎多的原创机体“奥”。然后他叫来了他的老朋友格雷和菲尔，他们被委托给他担任机械师。

在超人警備隊阿島隊員的故鄉，有市民目睹一條古老的村在剎那間出現，又在瞬間突然消失了……根据研究，有可能是外星人運用「得奇粒子」的能量，令時空產生變化，把已成歷史的老村莊重現眼前，產生時光倒流的現象……村中一位老伯的手掌上，有幾度神奇的貝殼傷痕，時光倒流，把這位老伯帶回歷史之中，揭開了一幕幕感人的往事……故事中男主角背棄盟誓，一去不返，現在是女主角報復的時候了。到底外星人跟這個故事有何關係？七星俠又如何對外星人？

超人警備隊的里美回到故鄉，無意中發現了一本描寫「大鐵人」秘密的書籍，多年前她爸爸為了出版這本書被外星人所殺，今天 里美再與寫這本書的叔叔重逢。

外星人恐怖分子拿著一種稱為「菠蘿蛋」的化學武器來到了東京，目的是在地球試驗這種武器的威力。超人警備隊今次的任務，是要在東京找出外星人的蹤跡，並把「菠蘿蛋」一併毀滅。隊員水野最近戀上了一個貌若天仙的女牙醫，在毫無防禦的情況下，跟隨她到了一個奇怪的貨倉，在那裡，水野發現了「菠蘿蛋」，這位令水野神魂巔倒的美女終於露出了真面目……在愛情與地球的存亡兩者之間，水野將會如何取捨？七星俠又會如何把外星人的陰謀粉碎？

在東京出現了一些可以實現人類願望，甚至復製人類思想的神殿石柱。据說這些石柱，本來已一萬多年沉沒於海底，今次再現，原來又是外星人策動的計劃。他們把人類的思想複製到石柱去，然後再把思想轉為訊號，利用這些訊號操控機械巨獸，於是地球的 存亡與否，便決定於人類本身思想的好與壞了。一位少女不滿父親無惡不作的所為，於是向石柱許願，把父親邪惡的思想吸掉，結果，喚醒了巨獸邪惡的慾念 ，在地球到處破壞……七星俠為了拯救人類，又要和外星人周旋到底了。

北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。