超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了大麻烦。正能量的女娃博士率领超迷你战士和超超迷你战士齐心协力打败烦恼和麻烦，拯救人类。
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
