塔原直哉（佐藤利奈 配音）是一名单身父亲，独自抚养着女儿明日叶（田村由加莉 配音）。某日，直哉在求职的途中遇见了一名神秘女子，这位女子竟然施展魔法将直哉传送到了由梦魔族统治的尤各瓦尔兰王国中。露蒂（钉宫理惠 配音）是王国的公主，依靠吸收男性的精气维生，然而，童年的意外遭遇让露蒂对男性充满了厌恶，而直哉则成为了她的后宫，随时待命准备侍奉露蒂。起初，露蒂只是将直哉视作派遣无聊的玩具，然而，随着时间的推移，直哉的善良渐渐吸引了露蒂，露蒂的心中竟然生出了对于直哉的好感。让直哉没有想到的是，女儿明日叶亦被传送到了王国之中，露蒂就此交上了人生的第一个朋友。

近卫昂（井口裕香 配音）家世世代代都作为凉月家的管家而存在，以此与凉月家族形成了深厚的羁绊。可是，管家的职位只能由男子担当，为了延续祖先的传统，近卫昂女扮男装隐藏身份，成为了大小姐凉月奏（喜多村英梨 配音）的管家。坂町近次郎是一个普通的男生，由于童年的遭遇，长大后的次郎开始变得无法从容的面对女性，这一现象一般被称为“女性恐惧症”。由于这种特质，次郎发现了近卫昂的秘密，为了掩盖事实，凉月奏以治疗其恐惧症为条件，要求次郎保守这个秘密。从此，在害怕女性的次郎身边，开始出没大量外形可爱性格活泼的女生，次郎快乐的校园生活正式开始！

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。

大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧，其中格外有天赋者，则能够获得试用“魔具”作为武器的特殊能力。个性傲娇的青梅竹马天谷春恋（下屋则子 配音），率真坦诚的栉八稻穗（野水伊织 配音），桀骜跋扈的姬神木灵（矢作纱友里 配音），在繁忙又惊险的学习生活中，大山和这些可爱的女孩子们之间产生了坚实的友谊。而随着能力的逐渐提升，大山发现，他们似乎被卷入了一场声势浩大的战争之中。

源间色枝（狩野茉莉 配音）拥有着一副萝莉般的矮小身材，却意外的在槌球和将棋方面有着出色的天赋。个性活泼的她喜欢开玩笑，为了捉弄人，她也是蛮拼的。冈本（内山夕实 配音）留着蘑菇头，因此被源间嘲笑为“河童”，平日里温文尔雅的她，被惹恼后便会化身为可怖的修罗，除此之外，她的“战斗力”亦十分可观。酒巻真希菜（井上麻里奈 配音）个性温和，虽然常常被取笑，但却并不会真正生气。

丹童子有马（寺岛拓笃 配音）是一名高中二年级的学生，看似沉默寡言严肃内向的他，其实有着一段不堪回首的过去。为了避免再伤害周围的人，有马选择了形单影只的孤独生活。某日，一位名叫蓝羽琉璃（中岛爱 配音）的少女带着执事镜诚（入野自由 配音）出现在了有马的面前，提出了希望利用有马身上“恶石”的力量。 恶石的力量虽然强大但难以控制，有马曾因此而犯下令他追悔莫及的错误。而蓝羽琉璃则拥有“善石”的力量，能够牵制和压抑有马的暴走，在蓝羽琉璃的不断恳求下，有马终于决定走出过去的阴影敞开心扉，两人共同要面对的，是因为恶石力量而幻化而成的魔物。

故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……