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1991年，苏联解体，原隶属苏联体系下的社会主义国家纷纷宣布独立，东斯拉夫共和国正是众多新生国家中的一员。然而东斯拉夫两极分化严重，社会严重失衡，反叛军与政府军进行了长达十数年的战争。时间进入21世纪，双方的战争愈演愈烈，甚至传闻已有“怪物”加入进来，战争开始朝着不确定的方向发展。为了调查生化武器的实情，里昂获命来到东斯拉夫。混乱之中，他被反叛军抓获，可是遭到寄生虫操控的人类很快冲击了他们的栖息地和城市。与此同时，艾达也抱着神秘目的来到东斯拉夫。战争毁灭了一切，滋养着恶魔，里昂能否阻止事态进一步恶化呢……
在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃，恰巧遇见正在修业旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕……
