《男子高中生的日常》以真田北男校为舞台，围绕着主角忠邦（入野自由 配音），以及他的死党秀则（杉田智和 配音）和吉竹（铃村健一 配音）的日常高中生活而展开。忠邦主要担任吐槽的角色，长相中性的他常常被秀则和吉竹联合欺负。登场人物还有同校学生会的元治、唐泽、副会长和会长等人，这是一群基本上没有女朋友的男校学生，在鲜有女生参与的情况下，展开了插科打诨的日常高中生活。
最近一段时间，动物城里诡异事件接连上演——织布鸟公寓幽灵出没、鹿灵灵在舞台上意外晕倒、被绑架者凭空消失、世纪名画喵娜丽莎离奇失踪、鲸鱼岛的神秘传说悄然成真……这一切难道只是巧合吗？市民们人心惶惶，不过好在，大名鼎鼎的牧奇尔侦探就生活在这里。他带领助手垂垂兔、探员平头哥，奔赴每一处现场，搜寻暗藏的蛛丝马迹。可是直到真相浮出水面，犯人抓捕归案，他们才发现，众多案件背后，似乎一直有个神秘人在操控着一切！神秘人到底是谁？他的目的究竟是什么？这个夏天，跟随牧奇尔侦探，奔赴惊险刺激的破案之旅吧！
故事主要讲述出身昆仑星的少年术师缇可只身携带龙图来到地球，希望收服24节气守护灵，挽救故乡的危机。阴差阳错之下，龙图落到地球小男孩夏天手里，并承认其为主人。在收服守护灵的过程中，形形色色或敌或友的角色纷纷登场。缇可、夏天结识了众多朋友，也遭遇了重重挫折，同时，隐藏在龙图之中的惊人真相开始逐渐显现。
