岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
暑假的第一天，罗旋和魔幻陀螺的守护者智辉成为了好朋友，并且和魔幻陀螺赤影相遇了。魔幻陀螺是来自远古文明的神奇力量，在智辉的号召下，为了寻找更多的魔幻陀螺，防止魔幻陀螺被坏人利用，罗旋和好朋友晓亮、智辉一起成立了魔幻小队。在旋力感应器的指引下，小队成员们几经波折分别找到了属于自己的魔幻陀螺。在这期间他们也和美伊、南星、大力成为不打不相识的好朋友。魔幻小队有了新的成员加入，重新集结再出发，面对窥伺魔幻陀螺力量的乔老大，大家齐心协力，最终破解了乔老大的阴谋。但这仅仅是开始，还有更大的挑战等待着他们。面对难以逾越的困难，小队成员们也渐渐学会提升自己的旋力能，为魔幻陀螺们注入更强的能量，和魔幻陀螺一起并肩作战
