岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
1800年前，人类恶念凝聚而成的怪物—八歧大蛇肆虐人间，被以草薙家族为首的武术家们用三件神器封印。 现代，世界综合格斗大赛 - THE KING OF FIGHTERS（简称KOF）召开，全世界的格斗高手集聚南镇。草薙家族的传人-草薙京来到南镇之后，他敏锐地感觉到了大蛇之力的复苏，一切迹象表明KOF大赛背后隐藏着一个巨大的阴谋。 随着KOF大赛的召开，所有的队伍，抱着各自的目的，渐渐被命运之手拉到了一起。而幕后的邪恶势力已然布下了天罗地网，准备将所有的格斗家一网打尽。正义与邪恶的对决一触即发！
既懵懂，又天真，他最强。
