2130年，因为第三次世界大战，日本各地出现了被称为“BS（Black Spot，黑域）”的巨大污染区域，不知从什么时候起，在那荒凉的陆地上出现了住民，虽然他们被城里的人当做是“无用者”，但是他们当中有着具有特异能力的人，火、风、重力，人们把这些具有超自然力量的人敬畏地称为——NEEDLESS！
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
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