在微光原野的晨光城，鬼点子林小宇、细心的沈遇和力大无穷的陆一，偶然发现一颗发光种子长成通往奇境世界的大树，并获得勇气护符。他们收到求助信，从害怕到勇敢接受使命，用智慧与善意化解风滚草团子、回音蘑菇等小麻烦。奇境核心“愿望之泉”因大家的小情绪堵塞，三人意识到需理解与分享，团结所有朋友，以各自特长和真诚之心疏通泉眼。最终，两个世界温暖相连，三人的友谊与勇气成为最坚固的桥梁。
叶罗丽仙境是一个平行世界，女王曼多拉统治着这里。因为人类大肆的破坏自然环境，威胁到了仙境的存亡与仙子的安危，曼多拉决定向人类世界发动战争。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
一个神秘的名叫珠露露（ジュルル）的婴儿突然出现在少女们身边，最先发现她的真中啦啦因为各种原因自然而然地成为了她的母亲，暂时照顾她，升级为“妈妈”。此外，新系列中还将出现一个神秘三人偶像组合。分别是珠音，花音，日音。
