故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
末世来临，恐怖笼罩整个世界，地球成为丧尸和变异生物的狩猎场。赵天磊（男主）意外获得神秘的超级系统，虽然他不是圣人，但是看到眼前人间的惨状，以及同学们一个个死去，又怎能做到袖手旁观，且看拥有超级升级和兑换系统的赵天磊，如何带领人类与群尸对抗，恢复人类文明。
斯派罗试图证明自己像其他 Skylanders 一样拥有超能力，但当他们陷入危险境地时才意识到自己的力量。
