末日来袭，超级农场绽放光芒。物资尽揽，美女在旁，开启别样生存路。
距今50年后，地球被恐怖的宇宙种族袭击后的世界。在天空核心军士官学校当清洁工的少年斯坦福・悠，有一个无论如何都想实现的梦想。那就是成为为了从宇宙中拯救地球而来的巨大机器人，机器人·梅克的飞行员。不久，这个梦想变成了现实，斯坦福和他的同学们一起挑战从宇宙种族带来的新威胁中保护人类的战斗。
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藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
