男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
虽然出生完全是个谜，但后来被称为“米娜莱”的主人公。 被恩人“大叔”带来的是一家名为“全力工务店”的建设公司。 全力工务店的成员都很有个性，刚开始米娜·莱也想不起来自己，但她却成了现场的学徒，不顾一切地全力工作。 那个姿势不久就得到前辈们的认可，不知不觉中成为了超越职场的重要存在。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
伊布、瓜哥、坦克、乌嘎、桑迪和奶奶回来了。跟随他们，看看他们会遇到新朋友、逃脱新生物，并经历世界上从未有过的“第一次”——比如学校、睡衣派对、打嗝和选举。
元藏是天选伏魔师后人，十余年前魔族势力陆王手下的狐娇率兵前来为夺取大胜将伏魔师灭族，父亲临死前将幼年大胜与金箍棒托付给了自己的儿子元藏。逃走后的元藏继承了父亲遗志在人界降妖伏魔守护一方太平。大胜成年后两兄弟便踏上了为父复仇的道路，而在这过程中兄弟两遇到了仙界使者小八与阿沙，在得知神魔大战的故事和自身的宿命后，两兄弟与众人毅然决然结伴而行，踏上了寻找七十二元神碎片复活斗战胜佛的征程。
