突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。
很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
在前两季里，小咖结识了一群秘密的朋友：来自未来的汽车变形机器人——咖宝车神，它们只在小咖面前才会露出庐山真面目。咖宝车神们凭着超群的高智能和先进的未来科技，发挥神奇力量，帮助小咖战胜各种困难，并时刻守护着他。小咖和咖宝车神们经常秘密地帮助着人们，经历了许多有趣又惊险的故事，小咖也因此收获了不少经验值。假日的一天，小咖一家到海边游玩。小咖发现了一只迷路的小动物和妈妈分开了，他照料好小动物，并帮助它回到妈妈身边。次日清早，小咖发现远处的海上有轮船正在冒出滚滚浓烟，不断拉着汽笛求救，情况危急，小咖立刻召唤出咖宝车神，一如既往地发挥他的分析力、领导力和协作力，指挥咖宝车神及时展开海上救援，咖宝车神施展最强本领，使用炫酷的未来装备解决危机……在新的一季中，小咖将会迎来怎样的挑战和更多有趣的奇遇呢？
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平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
