天外陨石引发全球海啸与红雾变异，海洋沦为吃人炼狱。幸存者林渊遭女友背叛、被“好兄弟”抛弃，却在绝境中觉醒SS级基因能力“机械主宰”，可拆解万物升级载具。他从破木筏起步，一路猎杀海兽、血洗海盗、解构沉船升级为导弹驱逐舰，以现代重火力碾压畸变怪物与异教徒。
大雪覆门，妖修突袭，屠尽墨门，少年路朝歌痛失至亲，绝境之中觉醒绑定逆天系统，靠水系启灵死里逃生，立誓肃清世间妖邪。十年蛰伏苦修，他困于初境寸步难行，一朝契机重启系统，携妹妹路冬梨下山寻灵草破境。途中巧破异兽难题，逆天引九道天道敕令启灵，连破五重境界，还直面剑宗天骄邀战，昔日废柴掌门，自此强势逆袭。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
