天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
4月。下雨的早晨。开始凋零的樱花被雨滴打落，漂浮在积水之上。学生们撑着五颜六色的雨伞，穿过高中的校门。“早啊，莲”。鞋柜前，裤袜湿透的莲被由亚搭话。略显忧郁的莲回过头去，看到全身湿透的帆美蹦蹦跳跳地走来，热闹地说着话。3个女学生没啥营养的对话，向教室宣告了新学期的来临。少女们无可替代的宝贵时间向前飞逝，季节渐渐转变……
该季讲述了，拥有“武神躯”的少年镇魂将一一曹焱兵为寻父母下落，与少女夏铃、北落师门等队友，闯入灵域禁地芦花古楼，并与守卫者“风花雪月”四王展开激烈交锋的冒险故事。
深夜的京都花街，舞伎结束表演工作后会返回屋形（宿舍）。担任一处屋形的厨娘的16岁少女清在深夜也等待着她们，献上温暖的料理，同时描绘着她和这群女孩互动的温暖的日常生活。
