当一只艺术蜘蛛的最新蛛网杰作被盗时，探员萨姆和基特奉命前来调查。在排除了几名显而易见的嫌疑人后，他们惊讶地发现罪魁祸首竟然是一只蜂鸟，它用蛛网上的粘性蛛丝筑巢。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
作品主角是不太会拿捏与他人之间距离、身材娇小的阿波连同学，以及目标是「交到一百个朋友」、坐在阿波连同学邻座的来堂同学。两人之间的距离以掉在地上的橡皮擦为契机而急速接近，一场青春恋爱喜剧便由此开始。
一直被人欺负的小胖吴灵根，因太胖猝死穿越异世界，从此立誓要练出一副好身体。却发现自己穿越的是个修仙世界，自己还是名副其实的无灵根废物。本以为空有一身肌肉的自己这样只能在这牛鬼蛇神的世界中自保。却没想到，好像自己的一双拳头就可以打穿整个修仙世界啊！
远古巨兽，现代人类，未来科技，时空混乱的荒岛；石器时代，动力时代，电气时代，飞速发展的荒岛文明。流落无人荒岛，开局一个系统，秦天从零开始求生。遇见奇异少女；驯金雕，收狼王，退巨蟒，这座荒岛，由我做主！
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
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