西歷2017年東京上空突然出現謎之侵入者,其目的一切不明,之後人類與稱之為MU的敵人的超兵器戰鬥,世界各國的軍隊均遭到嚴重的打擊,然而在TOKYO JUPITER形成後地球連軍與敵方形成膠著狀態,直到2027年現在MU的潛在危險仍存在著,地球也持續對抗....... 。
露娜成帝国唯一的公主，却一点儿都不开心，因为她知道这个皇室注定会被推翻，而她的三个哥哥更是传说中的大反派。她的大皇兄冷酷暴虐；她的二皇兄，邪恶的黑魔法师，每天研究可怕的禁忌魔法；她的三皇兄，贪图美色，任性妄为……露娜想保住自己的小命，立志逃出皇宫…
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
