该片讲述生活在仙灵大陆的小天，一直梦想着能和仙人的后裔一样，成为拥有灵兽的超级仙灵师。有一天，在机缘巧合之下，小天和上古灵兽玉骐麟相遇，二人成为好朋友，相约一起闯荡江湖，参加仙灵大赛。在旅途中，他们不断战斗并收服了各种各样的奇异灵兽，也认识了凤儿、龙马等仙灵师伙伴，大家为了各自的目标而努力着，而小天和玉骐麟，也渐渐发现了自己的真正使命。
三千位面守护者女主神绫清玄意外死亡，为了寻回和记忆，把小黑莲男主染回小白莲，女主神用她的实际行动告诉围绕在生命男主身边的飞蛾们：无论哪个世界，我都是永远的神！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
出玄武世界，寻终极武道。生命如枯叶般败落，灵魂埋葬破碎山河，龙族傲骨犹在，生前死后不屈！傲骨悲歌，皆为玄武世界而战！
曾经，世界面临着被称为「邪龙」的邪恶存在所毁灭。
