该片讲述生活在仙灵大陆的小天，一直梦想着能和仙人的后裔一样，成为拥有灵兽的超级仙灵师。有一天，在机缘巧合之下，小天和上古灵兽玉骐麟相遇，二人成为好朋友，相约一起闯荡江湖，参加仙灵大赛。在旅途中，他们不断战斗并收服了各种各样的奇异灵兽，也认识了凤儿、龙马等仙灵师伙伴，大家为了各自的目标而努力着，而小天和玉骐麟，也渐渐发现了自己的真正使命。
薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
围绕桃夭、柳公子、磨牙一行在京师的游历，展示了人与人，人与妖之间的距离或许并没有想象中的那么难以逾越。无论是桃夭与丁三四的互动，还是老张带给柳公子跨越人生和厨艺的指点，亦或是磨牙面对傒囊时的左右为难，都让一行人各自获得新的成长。而同时，封无乐，陈白水等人也获得各自的救赎，或许人生旅途就是这般互相影响，五味杂陈。
