乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
为了逮捕宇宙罪犯（天才科学家）畸咕，银河警备队队长青龙一路追捕，但是在和畸咕战斗过程中掉入陷阱，误打误撞来到了地球。在地球上，青龙结识了善良、正义的小男孩天翼。不料畸咕也跟随着来到地球，在发现地球有丰富的物种资源之后决定改造地球生物成为他自己的军队。为了阻止畸咕侵略地球的计划，青龙、天翼和他们的伙伴们踏上了维护地球和平的全新征程。
